Le sécretaire général assiste le président dans l'application de la politique de l'université. Il est chargé de la coordination administrative et technique des structures centrales et rattachées. Le Sécretariat Général est dirigé par M. Sibiri SAWADOGO, Administrateur civil.
Les services du sécretariat général comprennent :
Les structures centrales sont :
Les structures rattachées au sécretariat général sont :